Pierwotna świątynia pogańska
Ogromna jaskinia wapienna, mając na uwadze umiejscowienie, strukturę i szerokość, musiała być miejscem kultu już w epoce greckiej i rzymskiej. Historyk Strabon, odnosząc się prawdopodobnie do groty, wspomina o świątyni poświęconej bóstwu Calcante, mitycznemu wróżbiażowi, kapłanowi Apolla. Wierni przybywali tutaj szukając odpowiedzi, często spędzając noce owinięci w skóry ofiarowanych zwierząt. Prawdopodobnym jest, że adorowano samego Apolla, pogańskie bóstwo symbolizujące światło i przedstawiane o młodzieńczym wyglądzie, o rzadko spotykanej urodzie.
Epoka przedlongobardzka
Początki sanktuarium datowane jest na koniec V i początki VI wieku, o czym świadczy Liber de apparitione sancti Michaelis in Monte Gargano. Wtedy to z inicjatywy ówczesnego biskupa Sipontu, bp. Lorenzo Maiorano, zaczęto dążyć do wyeliminowania pogańskiego kultu wśród mieszkańców Gargano. Towarzyszyły temu cudowne zdarzenia, które dały początek kultu Michała Archanioła na cyplu Apulii. Dewocja do Św. Michała ma ścisły związek z trzema następującymi po sobie objawieniami, oraz z kolejnym czwartym, mającym miejsce ponad dziesięć stuleci później. Gargano, najbardziej wysunięta na wschód część terytorialna włoch, także dzięki sławie zdobytej dzięki objawieniom, była zazdrośnie władana przez Bizantyjczyków, którzy mieli pod swym panowaniem wszystkie nadmorskie regiony Adriatyku, szczególnie ten jednen region najbliżej nich znajdujący się, tj., Puglię. W tym okresie Sanktuarium bardzo różniło się od tego, które znamy dziś. Wejście do ogromnej pieczary zdobywano wspinając się w górę z doliny zwanej „Carbonara”, przez wgłębienie i swego rodzaju tunel, które wystawały z nieragólarnej i głębokiej jaskini. Święty Michał Archanioł, w tym okresie historii, był czczony jako uzdrowiciel chorób i ten, który przedstawia dusze zmarłych przed Boskim tronem. Znana jest tzw. „stilla” („kapie, skrapla się”): cudowna woda, która według przekazów, skapywała ze skał jaskini i uzdrowiała wszelkiego rodzaju dolegliwości oraz zło.
Okres lombardzki
Ze względu na fakt, iż Sanktuarium były zainteresowane władze działających na południową Italią, między VI a VII wiekiem, przyjęło ono konkrete znaczenie, które było ściśle przeplatało się z historią Longobardów. Sanktuarium Św. Michała charakteryzowało się swą konkretną rolą którą odgrywało jako pośrednika między promowaniem wiary ludowej a utrwalaniem polityki religijnej: będąc narodowym pomnikiem Longobardów, którzy w Archaniele Michale upatrywali doskonałe bóstwo obrońcy i wojownika. Bazylika była przedmiotem olbrzymich prac rozbudowy i przebudowy, które upiększyły i sprawiły, że jej struktura stała się bardziej funkcjonalna. Sanktuarium zostało włączone do obiegu najważniejszych miejsc pielgrzymek i stało się celem wielu wiernych przybywających z najbardziej wysuniętych na północ regionów Europy, o czym świadczą różne inskrypcje wyryte na ścianach u wejścia, niektóre nawet o charakterze „runicznym”.
Średniowiecze
Między końcem IX a początkiem X wieku, miały miejsce różne ataki Saracenów. Najpoważniejszy z nich przeprowadzono w 869 roku. Prawdopodobnie w wyniku tego najazdu Sanktuarium zostało poważnie uszkodzone. Niedługo po tym, Cesarz Ludwik (825 – 875) interweniował, udzielając Aioniuszowi, arcybiskupowi Beneventu – od którego Bazylika była zależna – środki do odbudowy „ruin” Anielskiej Bazyliki. Przy tej okazji zrealizowano ozdobne freski na ścianach, łuki i pilastry monumentalnych schodów prowadzących do ołtarza „odbitych stóp”. Później, między X a XI wiekiem, Sanktuarium znalazło się ponownie pod panowaniem Bizancjum (druga hellenizacja). Pierwsi Normanowie, którzy przybyli do Włoch, wkrótce dotarli na Gargano i tutaj zawarli sojusz z przywódcą Melo z Bari, by wyprzeć Bizantyńczyków z Apulii. Tak rozpoczął się okres normański, podczas którego miasto Monte Sant’Angelo otrzymało szczególny przywilej: nosiło ono tytuł „Władza Honorowa” i cieszyło się niezliczonymi dyplomami i przywilejami. Niemal z całkowitą pewnością uważa się, że już w połowie XI wieku, pod dozorem Roberta Guiscardo nastąpiła bardziej szczegółowa odbudowa i reorganizacja Kościoła – Groty. Wiele wskazówek upoważnia do wyobrażenia sobie struktury podobnej do tej obecnej, z monumentalnym wejściem, brązowymi drzwiami, i być może marmurowymi elementami. Tymczasem część mieszkalna Monte rozrastała się i poszerzała, rosła w siłę także ze względu na swoją wysoką pozycję, ważną z puktu widzenia strategicznego. Szwab Fryderyk II często zatrzymywał się tu ze swym wspaniałym dworem. Legenda głosi, że ze związku Fryderyka II Szwaba oraz Bianki Lanci, w tutejszym imponującym zamku Monte Sant’Angelo, narodził się Manfredi. On to właśnie nie wzbronił się, aby splądrować świątynię Św. Michała, jednak po jakimś czasie skruszony, ofiarował Sanktuarium relikwiarz z kawałkiem Świętego Krzyża, który zdobył w prowadzonej przez niego krucjacie w Ziemi Świętej.
Okres Andegaweński
Między drugą połową XIII w. i pierwszymi dziesięcioleciami wieku XIV, kompleks Świątyni Św. Michała Archanioła przeszedł ogromną transformację, wdrożoną przez królów Andegaweńskich, którzy mieli Sanktuarium pod swą szczególną opieką. Z woli Karola I Andegaweńskiego poprzez rozszerzenie i przedłużenie o kilka partii schodów w części już istniejącej, zostało przebudowane i ułatwione połączenie pomiędzy grotą i częścią mieszkalną miasta Monte Sant’Angelo, zdominowaną przez skupisko budynków wokół kościoła Matki Boskiej Większej. To właśnie Karolowi I Andegaweńskiemu zawdzięcza się obecny układ Sanktuarium (z brawurową operacją podzielenia groty na pół, przesuwając w podziemia starożytne wejścia bizantyjsko-Lombardzkie) i dostęp „schodząc” od strony południowej przez szerokie schody wyposażone w wielkie łuki boczne. Zlecił on utworzyć wielką nawę przylegającą do groty, i podzieloną na trzy przęsłą. W tej apsydzie znajduje się barokowy ołtarz z końca XVII wieku. Karolowi również zawdzięczamy budowę wielkiej dzwonnicy, którą rozpoczęto w 1274 roku. Wzniesiono ją w podzięce za podbój południowej Italii. Dzwonnica zaprojektowana została przez architektów Giordano i Maraldo z Monte Sant’Angelo i zadziwiająco przypomina wieże frederykańskiego zamku Castel del Monte. Następcy Karola I ukończyli rozpoczętą już aranżację. W Bazylice został ochrzczony król Karol III z Durazzo, który urodził się w zamku na Monte Sant’Angelo.
W międzyczasie, między XIII a XV wiekiem, entuzjazm religijny trochę przygasł, a duch poświęcenia i oddania rzeszy pielgrzymów zanikał. Zaczęło powoli zanikać pragnienie doświadczenia uzdrowiających cnót dla duszy i ciała w świętych miejscach jak sanktuaria, w których Bóg uznał za stosowne zamanifestować swoją chwałę przez aniołów i świętych męczenników.
Same krucjaty stały się politycznym środkiem do podbojów terytorialnych i zaspokojenia pragnień honoru i władzy małych lordów i podchorążych wielkich rodzin europejskich.
Stolica Apostolska, niepewna i nastawiona na coraz bardziej nepotyczną politykę, przechodziła między sojuszami z jednej strony na drugą, by być chronionym przez najpotężniejszych w danym czasie. Do Ziemi Świętej kupcy, zwłaszcza Wenecjanie, Genueńczycy, Pizańczycy, Katalończycy i Prowansalczycy, udawali się tylko po to, aby uzyskać monopol na najbardziej kwitnące rynki i uzyskać przywileje od sułtana dla siebie i dla tych, którzy zostali pod ich ochroną. W tym zmienionym klimacie polityczno-religijnym Rzymianie przybywali do najsłynniejszych europejskich sanktuariów nie tylko dla pobożności, ale także dla zwykłej ciekawości.
Był to okres, w którym ze względów ekonomicznych do Palestyny udawali się przede wszystkim dżentelmeni i zamożni kupcy, obnosząc się ze swoim bogactwem, podróżując luksusowymi powozami ze służbą i kurtyzanami. Można powiedzieć, że właśnie wtedy duch starożytnej pielgrzymki, znak pobożności i pokuty, przyjął postać zwyczaju, mody, wyróżnienia społecznego.
Należy pamiętać, że w tej rzeczywistości także kapłan, o ile wcześniej rozgrzeszenie grzechów warunkował od wypełnienia pokuty, polegającej głównie na pielgrzymce do jednego ze słynnych sanktuariów Włoch lub Europy (na przykład pokutna pielgrzymka Ottona III do Groty-Sanktuarium), teraz już mógł pozwolić penitentowi na wypełnienie tego obowiązku także przez delegowanie innych do tego w jego imieniu. Nawet w tej nowej i słabej atmosferze religijnej Sanktuarium św. Michała nie straciło zainteresowania pokornymi rzeszami anonimowych pielgrzymów, autentycznymi interpretatorami starożytnego „peregrinatio”.
Niezliczone i namacalne znaki ich pielgrzymowania (podpisy, miejsca pochodzenia, daty, święte symbole itp.) można nadal obserwować wzdłuż Andegawińskiej klatki schodowej oraz w innych wewnętrznych i przyległych do Świętej Groty pomieszczeniach. W ten sposób sława sanktuarium nie przygasła i nadal równie dobrze potrafiła wywierać bardzo silny pociąg nawet na najwybitniejsze postacie, które, wyróżniały się. Z nich chcemy wymienić tylko niektórych.
Współczesny wiek
W XVII wieku miasto Monte Sant’Angelo stało się najważniejszym miejsce całego Gargano. Do Sanktuarium pielgrzymuje coraz większa liczba wiernych i czcicieli ze wszystkich środowisk społecznych.
Plac przed wejściem do bazyliki, który w ciągu wieków był zapełniony zabudowaniami, został nazwany „atrium kolumnowe”, z racji obecności kolumny na której szczycie znajdował się posąg Św. Michała. W 1865 roku, podczas przebudowy placu, posąg ten został usunięty. Wtedy także powstała fasada z dwóch łuków, z których lewa część została odwzorowana na stylu z pierwotnego stanu. W 1872 roku bazylika została ostatecznie uznana za kaplicę pałacową, tzn. bezpośrednio podlegającą królewskiej władzy, a kapłani w niej posługujący, aż do konkordatu z 1929 roku, nosili tytuł „kapelanów królewskiego domu”. Od 1970 do 1996 roku w Sanktuarium posługiwali ojcowie Benedektytni, a aobecnie przez księży Michalitów, którzy przyczynili się do wybudowania w 1999 roku, kaplicy spowiedzi. Kaplica pojednania mieści w sobie elementy antycznej skały, nad którą wznosi się wspaniały drewniany krucyfiks z XIV-XV wieku. Grota Św. Michała Archanioła powszechnie nosi miano „Niebiańskiej Bazyliki”, ponieważ nie została konsekrowana przez ludzi, lecz przez samego Archanioła. Przez oficjalny dekretu Kościoła, „na wieczność” Bazylice został udzielony przywilej Przebaczenia Anielskiego. Od 1997 r. wszyscy pielgrzymujący do Sanktuarium, którzy się tu wyspowiadają i przystąpią do Komunii Świętej, oraz odmówią Ojcze nasz, Wierzę w Boga, i pomodlą się w int. Ojca Świętego, mogą dostąpić odpustu zupełnego.