On peut faire remonter l’origine du Sanctuaire à la fin du Ve et au début du VIe siècle. Des anciennes sources écrites en rendent témoignage : une lettre envoyée par le Pape Gélase Ier vers 493-494, à Justus, évêque de Larino, une autre lettre du même Pontife à Herculentius, Evêque de Potenza (492-496) et aussi une note rapportée à la date du 29 septembre dans le “ Martyrologe Geronimiano ”.
Mais c’est le “ Liber de apparitione sancti Michaelis in Monte Gargano ” remontant au VIIIe siècle, qui reconstitue de manière à la fois précise et évocatrice les faits miraculeux qui furent à l’origine du culte de l’Archange Michel sur le Gargano.
Celui-ci est lié au récit de trois apparitions qui y sont rapportées avec une extraordinaire et émouvante vivacité et qui atteste des faits miraculeux survenus et qui furent suivis plusieurs siècles après, d’une quatrième apparition tout autant prodigieuse.
La première apparition, datée de 490, est celle qui présente les aspects les plus légendaires et étonnants. Elle est identifiée comme “ l’épisode du taureau ”.
L’épisode du taureau
Un jour, un riche de Siponto (pour certains Elvio Emanuele, 33ème condottiere des armées sipontines) faisait paître ses troupeaux sur le mont Gargano. Soudain le plus beau taureau du troupeau disparut. Son propriétaire se mit fébrilement à sa recherche dans les endroits les plus cachés et éboulés pour finalement le retrouver au sommet de la montagne, agenouillé à l’entrée d’une grotte. Furieux il décocha une flèche contre l’animal rebelle, mais d’une manière inexplicable, la flèche au lieu de blesser le taureau vint le blesser au pied.
Troublé par ce fait, il se rendit chez l’évêque qui, après avoir écouté le récit de cette aventure extraordinaire, ordonna trois jours de prière et de pénitence. À la fin du troisième jour, l’Archange Michel apparut à l’évêque et lui dit : “ Je suis l’Archange Michel et je demeure toujours en la présence de Dieu. La caverne m’est un lieu sacré, je l’ai choisie ; j’en suis moi-même le gardien vigilant….Là où le rocher s’entrouvre, les péchés des hommes peuvent être pardonnés… Ce qui sera demandé ici dans la prière sera exaucé. Va donc sur cette montagne et consacre la Grotte au culte chrétien ”.
Mais, comme cette montagne mystérieuse et presque inaccessible avait été un lieu de culte païen, l’évêque hésita longtemps avant d’obéir aux paroles de l’Archange.
L’épisode de la Victoire
La seconde apparition de Saint Michel, dite “ de la Victoire ”, est traditionnellement datée de l’année 492, même si pour les spécialistes actuels, le fait se rapporte à un épisode de la guerre entre le Duc Lombard Grimoaldo et les Grecs en 662-663, quand la victoire fut attribuée par les Lombards à l’intercession et à l’aide valeureuse de Saint Michel. Selon la tradition, la ville de Siponto, assaillie par les troupes ennemies, était sur le point de se rendre. L’évêque Saint Laurent obtint de l’ennemi une trêve de trois jours et, avec confiance, il s’adressa au Chef de l’armée céleste en y joignant la prière et la pénitence. Au bout des trois jours, l’Archange Michel apparut à l’évêque et l’assura d’une victoire certaine et complète. Ce message remplit d’espérance le coeur des assiégés. Les défenseurs sortirent de la ville et se livrèrent à une bataille sans merci, orchestrée par des tremblements de terre, la foudre, le tonnerre et les éclairs d’une force impressionnante. La victoire des Sipontins fut totale et les ennemis exterminés.
L’épisode de la Dédicace
La troisième apparition est connue aussi sous le nom de “ l’épisode de la Dédicace ”. Toujours selon la tradition, en 493, après la victoire, l’évêque désira obéir au Protecteur Céleste et consacrer la Grotte à Saint Michel en signe de reconnaissance. De plus l’avis positif du
Pape Gélase 1er (492-496) l’avait rassuré. Mais, de nouveau l’Archange lui apparut et lui annonça qu’il avait lui-même déjà consacré la Grotte. Alors, l’évêque de Siponto avec les sept autres évêques des Pouilles se rendirent accompagnés du peuple et du clergé de Siponto, en procession vers le lieu sacré. En chemin, un prodige se produisit : des aigles, par leurs ailes déployées, protégèrent les évêques des rayons du soleil. Arrivés à la Grotte ils trouvèrent un autel de pierre à l’état brut déjà érigé, recouvert d’un pallium rouge vermeil et surmonté d’une Croix. Ils trouvèrent aussi, comme le raconte la légende, l’empreinte du pied de Saint Michel. Avec une joie immense, l’évêque offrit le Sacrifice divin pour la première fois. C’était le 29 septembre.
La Grotte elle-même, comme unique lieu de culte non consacré par la main humaine, reçut au cours des siècles le nom de “Basilique Céleste ”.