Powstało w 1989r, zostało całkowicie odnowione i zmodernizowane w 2008 r. W przestronnych pomieszczeniach, specjalnie przygotowanych, mona obejrzeć nowoczesną ekspozycję najciekawszych znalezisk oraz darów, świadczących o żywym kulcie i nabożeństwie do Św. Michała Archanioła.

Do muzeum docieramy przez niewielki korytarz, rozpoczynający się w atrium przed kaplicą spowiedzi. Na ścianach atrium, jak i wzdłuż tego korytarza, powieszono dziękczynne wota pielgrzymów, w formie obrazków,  które świadczą o łaskach i cudach udzielanych tutaj przez Świętego Archanioła.

W muzem zebrane są świadectwa, które dostojniejsi pielgrzymi oraz zwyczajni ludzi, pozostawili jako dziękczynienie oraz dowód czci. Sprzęty liturgiczne, srebra, ozdoby stanowią część okazałego „skarbu” który cesarze i władcy, papieże i biskupi, przez wieki darowali Bazylice. Kolejna część to dary wotywne. Dary dla Sanktuarium o wielkim znaczeniu symbolicznym i historycznym: wota wykonane na srebrnych płytkach, ikony, świece, przedmioty życia codziennego przynoszone w podziękowaniu za otrzymane łaski. Z czasem do zbiorów dołączyły prywatne kolekcje: archeologiczne, numizmatyczne i ceramiczne.

Wiele figur Św. Michała, w znacznej części zostało wyrzeźbione z lokalnego kamienia lub z alabastru   przez artystów rzeźbiarzy z Monte Sant`Angelo, którzy otrzymali specjalne uznanie ich kunsztu w 1475r. z rąk króla Ferdynanda Aragońskiego.

Najcenniejszym eksponatem pozostaje antyczna ikona Św. Michała Archanioła, czczona od wieków w sanktuarium. Początkowo, aż do roku 1891 znajdowała się w tak zwanym kamieniołomie, później była przechowywana w Kaplicy relikwii, skąd trafiła do muzeum, gdzie dzisiaj możemy ją podziwiać. To wartościowe dzieło jest wykonane w pozłacanym brązie. Jest znane jako bizantyjska ikona z VI-VII w. Jednak najnowsze badania wsazują na jej pochodzenie z epoki longobardzkiej (wiek VIII-IX)

Wszystkie te dary, ofiarowane Sanktuarium Monte Sant`Angelo, świadczą o kulcie, miłości i nabożeństwie do Św. Michała Archanioła trwającym przez wieki i wskazują na wielkie znaczenie tego miejsca dla pielgrzymów, którzy przybywają tu z całego świata.