Swymi początkami sięgają epoki longobardzkiej, a ponownie ujrzały światło dzienne w wyniku prac archeologicznych, których promotorem był ks. Prałat Mikołaj Quitadamo w latach 1949 – 1960. Pomieszczenia znane dzisiaj pod nazwą „Krypty”, służyły w dalekiej przeszłości jako wejście do Groty. Zostały one definitywnie opuszczone i zapomniane z powodu przebudowy całego kompleksu sanktuaryjnego w epoce andegaweńskiej w XIII wieku.

Krypty składają się z dwóch pomieszczeń, które powstały w niewielkim odstępie czasowym. Niektóre grafity, zidentyfikowane na murach, sugerują, że pomieszczenia te powstały z końcem VII i początkiem VIII wieku.

Krypty, rozciągają się na długości około 60 metrów, dochodzą prawie pod samą posadzkę dzisiejszej Bazyliki. Pierwsza część krypt, dochodzi do potężnego muru – podstaw portalu ze sławnymi drzwiami z brązu u wejścia do Nawy Andegaweńskiej. To pomieszczenie jawi się przed naszymi oczami jako galeria z portykami składającymi się z ośmiu przęseł. W tej części krypt zostały zebrane liczne rzeźby, a także różnorodne fragmenty architektoniczne z kamienia, pochodzące z obszaru Sanktuarium, z terenu byłego kościoła Św. Piotra, a także z ruin opactwa Benedyktyńskiego Matki Bożej z Pulsano.

Wśród zbiorów znajdują się: herb miasta Monte Sant`Angelo z 1401 roku; figura Św. Michała Archanioła z pierwszej połowy XIV wieku; figura Zbawiciela z XV wieku; Matka Boża z Dzieciątkiem z XV wieku; krzyż pogrzebowy z VIII wieku; Anioł ze sztandarem z X – XI wieku; Chrystus modlący się z XI – XII wieku; z tego samego okresu pochodzą też: figura Matki Bożej (z utrąconą głową), lawabo ozdobione scenami biblijnymi oraz różne fragmenty ambony, zwłaszcza wspaniały pulpit podtrzymywany przez orła, wykonane w pracowni Acceptusa.

Otwór wykuty w murze podtrzymującym drzwi z brązu, prowadzi do pomieszczenia z epoki longobardzkiej, podzielonego na dwie szerokie nawy. W obydwu nawach znajdowały się schody. Te z prawej o przebiegu krzywoliniowym, zachowały się w całości, natomiast schody znajdujące się z lewej strony, biegnące prostolinijnie, uległy znacznemu zniszczeniu. Kończyły się one na małej platformie, zakończonej w części wschodniej absydą z ołtarzem kamiennym w kształcie kwadratu. Po lewej stronie ołtarza odktyto fresk o nazwie „Custos Ecclesiae” (Kustosz-Opiekun Koścoła), prawdopodobnie z X wieku, dzisiaj znajdujący się w Sali Convegni. Wszystkie te pomieszczenia i sale zostały w sposób definitywny oddzielone od świętej Groty w latach 1270-1275, kiedy to Andegaweni, poprzez odnowę i rozbudowę Sanktuarium, nadali mu obecny wygląd, ukrywając dzieła zrealizowane wcześniej.